Apesar de novo, ainda por volta de seus 20 anos, São João Evangelista já era discípulo de São João Batista. E foi dos primeiríssimos Apóstolos a ter contato com Jesus, logo após Seu Batismo, em companhia de Santo André: "No dia seguinte, estava lá João outra vez com dois de seus discípulos. E avistando Jesus que ia passando, disse: 'Eis o Cordeiro de Deus.' Os dois discípulos ouviram-no falar e seguiram Jesus. Voltando-Se Jesus, e vendo que O seguiam, perguntou-lhes: 'Que procurais?' Disseram-Lhe: 'Rabi (que quer dizer Mestre), onde moras?' 'Vinde e vede', respondeu-lhes Ele. Foram aonde Ele morava e com Ele ficaram aquele dia. Era cerca da hora décima. André, irmão de Simão Pedro, era um dos dois que tinham ouvido João e que O tinham seguido." Jo 1,35-40
Pescador de uma colônia de Cafarnaum, junto a seu pai e seu irmão São Tiago Maior, São João também foi dos primeiríssimos chamados a seguir Jesus, logo após São Pedro e Santo André: "Passando adiante, viu outros dois irmãos: Tiago, filho de Zebedeu, e seu irmão João, que com seu pai Zebedeu estavam consertando as redes. Chamou-os, e eles abandonaram a barca e seu pai e seguiram-nO." Mt 4,21-22
São Lucas afirma que São João e São Tiago faziam parte da mesma colônia de pesca de Santo André e São Pedro: "O mesmo acontecera a Tiago e João, filhos de Zebedeu, que eram seus companheiros." Lc 5,10
Eles frequentavam a casa de São Pedro em Cafarnaum, que Jesus adotou como 'Sua' casa: "Assim que saíram da sinagoga, dirigiram-se com Tiago e João à casa de Simão e André." Mc 1,29
Jesus pôs-lhe um cognome: "Tiago, filho de Zebedeu, e João, seu irmão, aos quais pôs o nome de Boanerges, que quer dizer Filhos do Trovão." Mc 3,17
Ele também é dos primeiros na lista dos Apóstolos; sempre um dos quatro, do primeiro dos três grupos: "Ao amanhecer, chamou Seus discípulos e escolheu Doze dentre eles, que chamou de Apóstolos: Simão, a quem pôs o nome de Pedro; André, seu irmão; Tiago, João, Filipe, Bartolomeu, Mateus, Tomé, Tiago, filho de Alfeu; Simão, chamado Zelota; Judas, irmão de Tiago; e Judas Iscariotes, aquele que foi o traidor." Lc 6,13-16
De fato, São João Evangelista fazia parte dos três Apóstolos mais íntimos de Jesus. Foi assim no Monte das Oliveiras, pouco antes de Jesus ser preso: "Em seguida foram para o lugar chamado Getsêmani, e Jesus disse a Seus discípulos: 'Sentai-vos aqui, enquanto vou orar.' Consigo levou Pedro, Tiago e João, e começou a ter pavor e a angustiar-Se. Disse-lhes: 'Minha alma está numa tristeza mortal. Ficai aqui e vigiai.'" Mc 14,32-34
São João Evangelista também era muito íntimo de São Pedro, formando um parceria que durou muitos anos, e com ele foi mandado por Jesus ao lugar onde seria preparada Sua última e Santa Ceia: "Jesus enviou Pedro e João, dizendo: 'Ide e preparai-nos a ceia da Páscoa.'" Lc 22,8
Como mascote dos Doze, era o Apóstolo mais querido de Jesus, e estava com a cabeça reclinada sobre Seu peito quando Ele anunciou que seria traído: "Dito isso, Jesus ficou perturbado em Seu Espírito e abertamente declarou: 'Em Verdade, em Verdade, digo-vos: um de vós há de trair-Me!...' Os discípulos olhavam uns para os outros, sem saber de quem falava. Um dos discípulos, a quem Jesus amava, estava à mesa reclinado ao peito de Jesus. Simão Pedro acenou-lhe para instá-lo: 'Dize-nos de quem é que Ele fala.' Reclinando-se este mesmo discípulo sobre o peito de Jesus, interrogou-O: 'Senhor, quem é?'" Jo 13,21-24